O Flamengo foi o primeiro trabalho de Filipe Luís como treinador. Ele começou pelo sub-17 em março de 2024, logo depois de se aposentar, e conquistou a Copa Rio. Em junho, estreou pelo sub-20, onde foi campeão do Mundial da categoria. No dia 30 de setembro, o ex-lateral foi anunciado no time profissional para substituir Tite.
